接續前作 “哥 吉拉X機械哥吉 拉”的故事，一年前與哥吉 拉（Godz illa）的決戰
 ，機龍（機械哥吉拉Mechagodzilla）受損程度37%，失去了右腕及終極武器-絕對零度炮 。　　維修組員中條義人在 八王子基地負責修復機龍的工作。某日中 條在他叔叔信一的別墅家渡假時，嬰兒島的 小美人精靈竟然出現在他們眼前。小美人給他們一個忠告：

人類用 哥吉拉骸骨製造 出機龍是個嚴重的錯誤  ，如果出動機龍，摩斯拉就會變成  人類的敵人。 於是信一設法說服老友也是身為總理 大臣的五十 嵐，希望能中止 機龍 的計劃。
但就在此時，太平洋又出現 哥吉拉的影蹤…