圣诞之夜，卡森共和国水企业和哈里曼达拉公司签订协议的大厦门外， 无数群众声讨抗议。而就在此时，担任护卫的警察
机动部队
 突然掏枪对示威群众展开无差别屠杀 。血腥恐怖的事件背后，神秘病毒“火种”若隐若现 。在与不明敌人对决过
程中，草薙素子（坂本真绫 配音）和独立机动部队 
的同伴们救下了全身 义体的 少女津田艾玛（茅 野爱衣 配音）， 其身上似乎隐藏着利用虚拟记忆进行恐怖活动的 事实。公安9课课长荒卷大辅（塾 一久  配音）拒  绝将其交给陆军情报部穗积上校（庆长佑香 配音），而是命令草  薙将艾玛护送至501机关接受调查。草薙在少女身
上不仅发现两个灵魂的存在
，更触摸到了被官方、军方 可以隐藏的悲惨真相……